Misión Es un programa que promueve la prevención y el control de la epidemia del SIDA, mediante políticas públicas, promoción de la salud sexual y otras estrategias basadas en la evidencia para disminuir la transmisión del VIH e ITS y mejorar la calidad de vida de las personas afectadas, en un marco de respeto a los derechos de toda población..

Visión En el 2012, es un programa consolidado que logra una clara tendencia a la disminución de la prevalencia del VIH e ITS, con acceso a los servicios de prevención y la mayoría de la población con prácticas sexuales seguras; las personas afectadas acceden a la atención integral de alta calidad, sustentable, eficiente en ambientes libres de estigma y discriminación; con participación multisectorial y de la sociedad civil, bajo la rectoría de la Secretaría de Salud.

Valores El Centro Nacional para la Prevención y el Control del VIH/SIDA, hace suyo el "Decálogo" de valores de la Secretaría de Salud, que fundamentan el código de conducta del personal de la misma Secretaría consistentes en:

1) Respeto

2) Responsabilidad

3) Colaboración

4) Compromiso

5) Vocación de Servicio

6) Orgullo

7) Atención calidad y humana

8) Calidad

9) Innovación

10) Eficiencia, Eficacia y Efectividad